En el año de 1977, mediante un acuerdo entre el Alcalde Mayor de Bogotá y el Rector de la Pontificia Universidad Javeriana, se crea Consultorías Universitarias, inicialmente llamado "Servicio de Consultoría Universitaria", como una dependencia que articularía las acciones de los estudiantes en diferentes áreas y la aplicación de sus conocimientos en comunidades de escasos recursos de la ciudad. Al iniciar su trabajo, se define como eje la capacitación laboral, a la cual se agregan diferentes programas como la elaboración de planos para vivienda por autoconstrucción, el diseño de centros comunitarios y programas de infraestructura de servicios sociales, con criterio asistencial y en atención de particulares. Durante el final de los años setenta y durante la década de los ochenta, en particular, con el crecimiento de las organizaciones no gubernamentales, en número y capacidad de intervención, la efectividad del servicio hacia la comunidad se fue debilitando y el Sector se concentró en el proceso formativo de estudiantes.
Entre 1989 y 1993, se ejecutó el Programa de Atención Primaria en Salud de Bosa (PAPS) que planteó una nueva transición del Sector, desde la práctica estudiantil hacia el objetivo inicial de transformación social y comunitaria. A partir de 1993 se encaminó, definitivamente, la actuación del Sector de Consultorías Universitarias dentro de un esquema de proyectos sociales, con el objetivo de afectar las condiciones determinantes de la pobreza. Esta perspectiva hizo que los proyectos del Sector, independientemente de su campo de aplicación, partieran de la identificación de problemáticas sociales específicas e integraran investigación, desarrollo y acumulación de conocimiento para mejorar las condiciones sociales de los grupos humanos a mediano y largo plazo. Estas nuevas directrices aumentaron la demanda de proyectos sociales, elevando su productividad. A partir de 1996, el mayor énfasis se concentró en las áreas de apoyo a la seguridad social en salud (ASS), y de gestión y desarrollo estratégico territorial (AGDT).
La necesidad de concentrar su estructura y funcionalidad hizo que durante 1998 el Sector de Consultorías Universitarias planeará y diseñará su transformación en el Centro de proyectos para el Desarrollo Cendex, y a partir de 1999 se asumió institucionalmente la transición de Consultorías y se formaliza su nuevo espacio de actuación dentro del proyecto general de la universidad.
En al año 2003 el Centro de Proyectos para el Desarrollo Cendex, consecuente con la necesidad de prestar servicios que satisfagan las necesidades y expectativas de sus clientes comenzó a desarrollar un proyecto con el fin de documentar e implementar su Sistema de Gestión de la Calidad bajo la norma ISO 9001:2000, así en agosto del 2004 recibió la certificación de calidad expedida por la organización BvQi Colombia. Para finales de este mismo año, el Centro se enfrentó a la necesidad de ajustar sus líneas de trabajo a los nuevos requerimientos del mercado y así, para junio de 2005 se planteó una nueva orientación donde el Área de Gestión y Desarrollo Estratégico Territorial (AGDT) se transformó en el Área de Protección de Riesgos Económicos y Sociales (APRES).
En la actualidad el Cendex con el fin de estar acorde con los temas de investigación ha llevado las Áreas a Grupos de investigación es así como a partir del 2009, el Área de Gestión y Desarrollo Estratégico Territorial (AGDT), pasa a ser el Grupo de Política y Gestión para el Desarrollo (GPGD) y el Área de seguridad Social a Grupo Política y Economía de la Salud GPES.
Cendex ha desarrollado más de 100 proyectos de consultoría e investigación a nivel nacional e internacional, siendo una de las instituciones líderes en la vinculación de recurso financiero, y reconocida como centro de investigación..
